Sau khi các nhà khoa học và học giả dự báo về thảm họa toàn cầu: một thiên thạch sẽ đâm vào Trái Đất trong tương lai gần, chính phủ các nước đã tổ chức họp kín để đề ra các kế sách ngăn ngừa mối hiểm họa này. Một trong số đó là dự án 7SEEDS.
7SEEDS được thành lập nhằm lưu giữ và duy trì con người phòng trường hợp cả nhân loại bị tuyệt diệt sau cú va chạm giữa thiên thạch và Trái Đất. Dự án chọn lựa những thanh thiếu niên khỏe mạnh, chia thành 5 nhóm, mỗi nhóm 7 người và 1 hướng dẫn viên, bảo quản ở trạng thái ngủ đông và được chôn phân tán nhằm tránh tác động của cú va chạm. Sau khi máy tính xác định khí hậu và môi trường trên bề mặt địa cầu đã ổn định trở lại và đủ điều kiện cho sự sống tồn tại, những người này sẽ được rã đông và giải phóng ra thế giới bên ngoài, nơi họ phải tham gia vào một cuộc chiến sinh tồn không có điểm kết.
Sau khi được rã đông, các nhóm bắt đầu tản đi tìm 7 ngọn Fuji theo chỉ dẫn của hướng dẫn viên. Trên đường đi, một vài nhóm gặp nhau và dần dần thu về sống tập trung. Cũng cùng thời điểm này, việc khám phá ra các khu căn cứ ngầm đã mở ra cho họ những bí mật kinh hoàng về các sự việc xảy ra ngay trước thềm cơn chấn động.
